最常見的副作用就是迅速出現“上火”症狀，如面紅、心煩、睡眠差或失眠、咽痛、血壓升高或頭暈等，甚至使病情加重或逆轉病勢。臨床上，一般人經常單獨使用黃耆進補或一次性大量進補，那是沒病找病或加重疾病的危險行為。使用黃耆進補，一般要由少逐漸增加，邊服邊觀察有無上火的表現或身上原有疾病有無加重或是否出現悶、痛的感覺，一旦有則應停用或配藥才能用；如果乏力、多汗或氣喘等症狀減輕，精神和體力改善而又無上述副作用，可增加用量。更安全的辦法則是先用黨參，有效而無副作用後再加用或改用黃耆，使用黃耆時採用逐步加量的辦法，以身體能耐受而無副作用為度。最安全的辦法是配方使用。